هیات امنا
جهاددانشگاهی مطابق اساسنامه مصوب جلسات 262 و 263 شورای عالی انقلاب فرهنگی "نهادی است عمومی و غیردولتی زیر نظر شورای عالی انقلاب فرهنگی، دارای شخصیت مستقل" با اهداف" گسترش تحقیقات و شکوفایی روحیه تتبع استعدادها، درسطح جامعه برای نیل به خود اتکایی ، توسعه امور فرهنگی، گسترش طرحهای کاربردی و نیمه صنعتی" با وظایفی که در ماده سوم اساسنامه به عهده آن گذاشته شده است فعالیت دارد.
در اساسنامه برای این نهاد سه رکن در نظر گرفته شده است.
- عالی‌ترین مرجع سیاستگذاری (هیأت امناء)
- بالاترین مقام اجرایی (رییس جهادانشگاهی)
- تعیین کننده خط مشی و ناظر بر فعالیت ها (شورای علمی)
هیات امنای جهاددانشگاهی براساس ماده چهارم و پنجم اساسنامه مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی به عنوان یکی از ارکان جهاددانشگاهی به عنوان،"عالی‌ترین مرجع سیاستگذاری" این نهاد شناخته می‌شود.
در راستای اجرای وظایف کلی جهاددانشگاهی و اجرای سیاست‌های تبیین شده توسط هیات امنا و جهت فراهم آوردن زمینه فعالیت‌های علمی و پژوهشی، اجرای دوره‌های رسمی و آموزش‌های علمی کاربردی و تبلیغ و ترویج فرهنگ و هنر اسلامی و برنامه‌ریزی فرهنگی و تربیتی، چهار حوزه معاونت پژوهش و فناوری، آموزشی، فرهنگی، پشتیبانی و امور مجلس در ستاد مرکزی جهاد که "دفترمرکزی جهاددانشگاهی" نامیده می‌شود تشکیل شده است.
هیات امنا شامل: دکتر حسن مسلمی نائینی (رییس هیات امنا)، دکتر حسین سیمایی صراف (وزیر علوم، تحقیقات و فناوری)، دکتر محمدرضا ظفرقندی (وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی)، حجت الاسلام و المسلمین دکتر مصطفی رستمی (رییس نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها)، دکتر حسین افشین (معاون علمی، فناوری و اقتصاد دانش‌بنیان رییس‌جمهور)، دکتر سید حمید پورمحمدی (معاون رییس جمهور و رییس سازمان برنامه و بودجه کشور )، حجت الاسلام و المسلمین دکتر عبدالحسین خسروپناه(دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی)، دکتر زهرا شیخی(نماینده مردم اصفهان و ورزنه در مجلس)، دکتر شاهوردی(عضو هیات علمی و رییس پژوهشگاه رویان جهاددانشگاهی)، دکتر طیبی (عضو هیات علمی و مشاور رییس جهاددانشگاهی) و دکتر مجیدزاده اردبیلی (عضو هیات علمی جهاددانشگاهی) می شود.
گفتنی است، دکتر محمدرضا پورعابدی – دبیر هیات امنا جهاددانشگاهی است.
دکتر محمدرضا ظفرقندی دکتر حسن مسلمی نایینی دکتر حسین سیمایی صراف
دکتر حسین افشین حجت‌الاسلام دکتر عبدالحسین خسروپناه
دکتر سید حمید پورمحمدی حجت‌الاسلام دکتر مصطفی رستمی
دکتر حمیدرضا طیبی دکتر عبدالحسین شاهوردی
دکتر زهرا شیخی دکتر کیوان مجیدزاده